但苏起下台，在美中台关系上，会出现两个效应:
第一、马政府会被认为太向美国妥协，尤其华府方才宣布对台军售，引起大陆强烈不满，苏又疑似为交代美牛事件而去职，时间点太过接近。
第二、“国安会”是马英九两岸、外交政策幕僚机构，包括未来两岸是否要进入政治议程、启动军事互信机制等，乃至两岸两会协商等等，“国安会”都将扮演重要角色。苏起娴熟两岸，又是“九二共识”催生者，坚定主张和解，两岸政策是否因此受到牵动，会引起猜测。
马英九延揽接任苏起的胡为真是抗日名将胡宗南之后，他这几年来最受瞩目的一件事，就是在2007年7月于台湾驻新加坡代表任内，公开接受媒体专访表示，他没有办法接受扁政府“去蒋化”、“去中国化”、“正名”等一系列政策，决定请辞，结束35年的公务员生涯，告老还乡。马英九在批定胡为真接“国安会秘书长”时，明显有考虑到对美、对大陆关系的平衡，刻意避免让外界，特别是北京认为台湾过度向美国倾斜。
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