（四）两岸海域油气共同探勘与开发
首次“江陈会谈”之前，陆委会曾授权海基会商谈“两岸海域油气共同合作探勘”议题，而江丙坤董事长在2008年6月与陈云林会长的商谈时，也提出下阶段议题应优先商谈此议题。两岸两会虽然未正式就此议题进行商谈，但是台湾的中油公司与大陆的中海油公司，早已经签订“台潮石油合约（台南盆地与潮汕凹陷）”，以成立合资公司的方式进行海上油气探勘，根据台湾国安会的规划，两岸协商的议题中，“南海、东海及海外油气资源开发都将是合作重点”。
较为敏感的是东海与南海的油气开发，其中涉及到与其他国家之间的海域归属问题，在马英九的“蓝海战略”政见中，对此有基本的政策主张，即“开放南海，共同开发，促进亚太区域安定”，其内容为“确立‘主权在我、搁置争议、和平互惠、共同开发’原则，对于东沙和南海各项资源与周边国家之发展趋势，应加强研究调查，同时适度开放南海，于东沙岛建立‘南海生态保育与人文资产国际研究中心’。于太平岛、中洲礁与国际保育组织合作建立‘南海和平公园’，加强国际合作与良性互动，保护生态和人文资产，以促进区域人民的共同福祉”。
马英九对于钓鱼台列屿的法律归属问题颇有研究，因此，有关周边海域的海洋政策，其“主权在我、搁置争议、和平互惠、共同开发”与大陆自邓小平时代确立的南海政策“主权归我、搁置争议、共同开发”相当类似，台湾与大陆在此能源短缺之际，从油气开采的议题开始展开合作，或许可能在领海主权的声索上达成共同行动，但另一方面，两岸的“搁置争议、共同开发”主张的对象是其他周边国家，两岸的共同合作是否会引起周边国家诸如日本、菲律宾与越南的紧张，尤其是在中国大陆快速崛起的过程中，台湾与周边国家的互动就成为避免因两岸关系改善而遭周边国家边陲化而加以考量。当然，此又涉及美国因素。
（五）两岸共同参与国际海洋组织与在全球性海洋议题的合作
马英九的海洋政策中，明确主张应“培养涉外事务人才，积极参与国际组织”，“为争取台湾在亚太地区及国际上的权益，我们必须加强参与海洋相关国际组织，培育涉外事务人才，鼓励国际学术交流，主办国际会议和参与国际研发合作，以汲取国外经验，并争取和维护我国海洋相关权益”。对应“胡六点”第五点主张，“两岸在涉外事务中避免不必要的内耗。台湾参与国际组织活动问题，在不造成两个中国、一中一台的前提下，可通过两岸务实协商，做出合情合理的安排”。显示台湾也考虑与航运权益有关的“国际海事组织”（International Maritime Organization,IMO）纳入台湾争取国际活动的两岸议题中。
此外，“江陈会谈”曾提到“推动两岸气候变迁和气象研究的交流与合作”，此相关议题亦与马英九所主张的“顺应气候变化，预防海洋与海岸灾害”，即“对于气候变化可能产生之冲击，应加强研究和国际交流，并整合海陆空侦防能力，研拟顺应气候变迁和因应海洋灾害之体系，以减少民众和自然资源之损失”相互呼应。显示由于海洋相连、地域相近，台湾在许多因应海洋环境保护的议题上，与大陆具有共同的利益，而大陆近年来发生的赤潮等海洋污染，对台湾亦有所影响。两岸实有必要将全球性的海洋议题纳入双边共同协商的事项之中，开展相关的海洋事务合作机制。
综上所述，两岸在合作解决海洋污染、建立海域执法与救难通报系统、管理海洋渔业资源等具体的、对互相有利的、不涉及争议敏感的事务领域中，可以优先尝试建立合作机制，一方面可以有效解决迫切的问题，另一方面可累积双方海洋事务相关部门的交流与信任关系，以做为解决难度更大的海洋议题的基础。
结论：寻找两岸海洋事务合作重要的突破口
无论如何，虽然两岸民间讨论合作的领域已超过10年，但若无法在台北坚持的“正视中华民国”方面取得某种确认，似乎仍将难以成为两岸公权力在南海和东海明确的可行性实践，换言之，台北仅能表达合作的意向等待北京的善意。两岸政府应思考台湾大学政治系张亚中教授倡议的“一中三宪”作为两岸在海洋事务合作的可能性基础，尤其以南海合作为起点。
（一）两岸在南海断续线的合作与挑战
中国大陆在应对菲律宾仲裁案时亟需台湾的支持，因为台湾对南海U型线的法理定位拥有大量的资料也做出了巨大的努力，虽然这些努力不完全是有利于两岸的声索，但却非常的重要。据悉，越南的国家主席2012年在海参崴参加亚太经合会峰会时曾问中国国家主席胡锦涛：“中国据有南海主权的依据为何？”胡锦涛表示，“因为中国政府在1947年划了U型线”。“那证据在哪里？”胡主席回答说：“都在台湾手上”。所以，其实两岸都有这方面的思考。中国国家海洋局和中华民国内政部地政司已经透过学者之间不断在交换一些意见，而不是由两岸官方直接接触。
2014年2月14日，中国外交部长王毅与美国国务卿凯瑞（John Kerry）会谈时，阐述了中方对当前南海局势的基本看法和政策主张。首先，南海局势总体是稳定的，中国有能力也有信心与东协国家继续共同维护好这一地区的和平。第二，南海航行自由与安全过去、现在和将来都不存在问题，各国都享有在南海自由航行的合法权利。第三，中国与东协国家正在全面有效落实《南海各方行为宣言》，加强海上务实合作，并在此基础上顺利推进“南海行为准则”的商谈进程。第四，中国对南海诸岛及其附近海域的主权有着充分历史和法理依据，目前存在的争议是1970年代以来一些国家非法侵占中国南沙群岛部分岛礁而产生的。尽管如此，中方仍一贯致力于通过与直接有关的当事国谈判协商，以和平方式解决有关争议。
虽然王毅某种程度回避了九段线，但诚如台湾海洋大学高圣惕教授所提出的问题，“两岸政府（中华民国、中华人民共和国）在南海的历史性权利主张的证据、主张的初始时间”、“两岸政府（中华民国、中华人民共和国）将U形线作为领土声索的证据、初始时间”、“两岸政府（中华民国、中华人民共和国）在南海的海域主张，若以岛屿为基础的证据、起始时间”、“中华民国政府对于U形线从「领土主张”、“海域主张”，到“历史性权利主张”之演变、证据」、“中华人民共和国是否继承中华民国政府的南海声索、是否接纳中华民国的南海海域权利主张”，此等问题环环相扣，成为两岸在南海声索的重要依据。
根据大陆表达的观点，中华人民共和国成立后，透过“一种新的历史类型的国家继承”，新中国“继承”了民国时期中国对南海11条断续国界线所表达的权利主张。它包括两部分：一部分是南海诸岛的主权；另一部分是海域资源开发和管辖权，即渔事权利。这两部分权利主张，一是透过公开出版的地图图式（11条断续国界线）来向国际社会和周边国家表达。诸如1949年11月，地图出版工作者就在1948年2月原民国政府出版《中华民国行政区域图》的基础上，经过修改，出版了新中国第一张大挂图《中华人民共和国大地图》，这张图上的《南海诸岛图》就标有11段断续国界线。
二是透过“中央人民政府”声明来表达。诸如1951年8月15日，中华人民共和国外长周恩来在《关于美英对日和约及三藩市会议的声明》中指出，“实际上，西沙群岛和南威岛正如整个南沙群岛及中沙群岛、东沙群岛一样，向为中国领土，在日本帝国主义发动侵略战争时虽曾一度沦陷，但日本投降后已为当时中国政府全部接收。中华人民共和国中央人民政府于此声明：中华人民共和国在南威岛、西沙群岛之不可侵犯的主权，不论美英对日和约草案是否规定及如何规定，均不受任何影响。”此乃中华人民共和国政府第一次就西沙和南沙群岛的主权归属问题发表外交声明，也是对南海11段断续国界线内岛礁和海域权利主张的第一次公开阐述。1953年，中国无偿支援越南民主共和国人民军抗击法国殖民者侵略战争，出于支援越南人民正义战争的需要，经周恩来批准，在重新审订的中国地图底图上，去掉了北部湾的2段断续国界线。
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